Ο Μανώλης Κεφαλογιάννης γεννήθηκε στην Κρήτη.
Σπούδασε Πολιτικές & Οικονομικές Επιστήμες στο Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών. Ολοκλήρωσε τις μεταπτυχιακές του σπουδές στην Αγγλία στο London School of Economics (M.Sc) και στο Πανεπιστήμιο του Reading (M.A) σε θέματα Ευρωπαϊκής Ενοποίησης, Στρατηγικής και Ασφάλειας στην Ευρώπη και Ευρωπαϊκής Ιστορίας και πολιτικής.
Δημοσίευσε τα βιβλία «Προβλήματα Δημοκρατίας», «Ελληνική Οικονομία σε κρίση - Μία πολιτική προσέγγιση» και την «Συγκριτική Μελέτη της Πολιτικής του Ελευθέριου Βενιζέλου και του Κωνσταντίνου Καραμανλή για το Κυπριακό Ζήτημα μέχρι την Ανεξαρτησία της Κύπρου».
Ξεκίνησε την πολιτική του δράση ως μέλος της ΟΝΝΕΔ και διετέλεσε Πρόεδρος της ΔΑΠ-ΝΔΦΚ στη Μεγάλη Βρετανία.
Εξελέγη βουλευτής της Νέας Δημοκρατίας στο Νομό Ηρακλείου το 1990. Από τότε εκλέγεται βουλευτής του Ελληνικού Κοινοβουλίου μέχρι το 2014.
Διετέλεσε Υπουργός Εμπορικής Ναυτιλίας, από το 2004 έως το 2007.
Ολοκλήρωσε την πρώτη μεγάλη εμβληματική ιδιωτικοποίηση της χώρας μας με την εταιρεία Cosco στο λιμάνι του Πειραιά.
Ήταν ο εισηγητής για την έκθεση της Συνθήκης του Μάαστριχ και της αναθεώρησης της στο Ελληνικό Κοινοβούλιο.
Διετέλεσε κοινοβουλευτικός εκπρόσωπος της Νέας Δημοκρατίας. Έχει καταθέσει σειρά προτάσεων νόμων στο ελληνικό κοινοβούλιο, για την διαφάνεια στα οικονομικά των κομμάτων, τον τρόπο διενέργειας των δημοσκοπήσεων, την διαφάνεια στον τρόπο ανάθεσης των δημοσίων έργων και προμηθειών.
Εκλέχτηκε Γραμματέας της Πολιτικής Επιτροπής της Νέας Δημοκρατίας τον Αύγουστο του 2012.
Στις Ευρωεκλογές του Μαΐου του 2014 εξελέγη ευρωβουλευτής και ορίστηκε επικεφαλής της Κοινοβουλευτικής Ομάδας της Νέας Δημοκρατίας στο Ευρωπαϊκό Λαϊκό Κόμμα.
Εκλέχθηκε πρόεδρος στη Μικτή Κοινοβουλευτική Επιτροπή Ευρωπαϊκής Ένωσης-Τουρκίας και μέλος των Επιτροπών Εξωτερικών Υποθέσεων και Γεωργίας.
Το 2019 επανεξελέγη ευρωβουλευτής στις Ευρωεκλογές του Μαΐου του 2019. Πρόεδρος της Κοινοβουλευτικής Εκλέχθηκε πρόεδρος της Επιτροπής ΕΕ-Αλβανίας και μέλος της Επιτροπής Περιφερειών, Γεωργίας και Εξωτερικών Υποθέσεων.
Ορίστηκε το 2019 γενικός εισηγητής του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου για το Ταμείο Δίκαιης μετάβασης για την Πράσινη συμφωνία (Green Deal) της Ευρωπαϊκής Ένωσης το οποίο υπερψηφίστηκε από την Ολομέλεια του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου το 2021.